El Plan de Estudios tiene una duración de 8 semestres e incluye asignaturas obligatorias y optativas que dependen de los antecedentes académicos y del tema de la tesis de cada alumno. Las asignaturas obligatorias son Trabajo de tesis (I-VIII), Seminario de investigación (I-VIII) y Seminario Interdisciplinario (V-X). Las asignaturas optativas son dos, seleccionadas entre las impartidas por la división de Biología Molecular en función de los antecedentes académicos de los alumnos y el tema de tesis. Los graduados de la maestría en Biología Molecular del IPICYT que se aceptan al doctorado, no tienen que acreditar asignaturas optativas.
| Semestre | Tipo de materia | Nombre de la materia | Creditos | |
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| 1 | Especialidad/Individual | (CBM-510) Seminario de Investigación I | 3 | |
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| 1 | Especialidad/Individual | (CBM-610) Trabajo de Tesis I | 36 | |
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| 1 | Optativa | (CBM-XXX) Optativa I | 0 | |
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| 1 | Grupal | (SIBM-500) Seminario Interdisciplinario V | 1 | |
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| 2 | Especialidad/Individual | (CBM-520) Seminario de Investigación II | 3 | |
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| 2 | Especialidad/Individual | (CBM-620) Trabajo de Tesis II | 36 | |
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| 2 | Optativa | (CBM-XXX) Optativa II | 0 | |
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| 2 | Grupal | (SIBM-600) Seminario Interdisciplinario VI | 1 | |
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| 3 | Especialidad/Individual | (CBM-530) Seminario de Investigación III | 3 | |
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| 3 | Especialidad/Individual | (CBM-630) Trabajo de Tesis III | 36 | |
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| 3 | Grupal | (SIBM-700) Seminario Interdisciplinario VII | 1 | |
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| 4 | Especialidad/Individual | (CBM-540) Seminario de Investigación IV | 3 | |
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| 4 | Especialidad/Individual | (CBM-640) Trabajo de Tesis IV | 36 | |
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| 4 | Grupal | (SIBM-800) Seminario Interdisciplinario VIII | 1 | |
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| 5 | Especialidad/Individual | (CBM-550) Seminario de Investigación V | 3 | |
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| 5 | Especialidad/Individual | (CBM-650) Trabajo de Tesis V | 36 | |
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| 5 | Grupal | (SIIN-900) Seminario Interdisciplinario IX | 1 | |
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| 6 | Especialidad/Individual | (CBM-560) Seminario de Investigación VI | 3 | |
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| 6 | Especialidad/Individual | (CBM-660) Trabajo de Tesis VI | 36 | |
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| 6 | Grupal | (SIIN-1000) Seminario Interdisciplinario X | 1 | |
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| 7 | Especialidad/Individual | (CBM-570) Seminario de Investigación VII | 3 | |
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| 7 | Especialidad/Individual | (CBM-670) Trabajo de Tesis VII | 36 | |
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| 8 | Especialidad/Individual | (CBM-580) Seminario de Investigación VIII | 3 | |
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| 8 | Especialidad/Individual | (CBM-680) Trabajo de Tesis VIII | 36 | |
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MATERIAS OPTATIVAS
| Nombre de la materia | Creditos | |||
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| (CBM-102) Biología celular y molecular | 12 | |||
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| (CBM-103) Tecnología de ADN recombinante | 15 | |||
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| (CBM-104) Métodos de investigación en biología molecular | 5 | |||
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| (CBM-802) Temas Selectos de Manejo de Recursos Naturales | 4 | |||
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| (CBM-101) Introducción a la Bioquímica | 10 | |||
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| (CBM-203) Genómica y bioinformática | 10 | |||
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| (CBM-201) Investigación y comunicación científica | 7 | |||
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| (CBM-202) Temas selectos I | 8 | |||
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| (CBM-101) Introducción a la Bioquímica* | 10 | |||
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| (CBM-102) Biología Celular y Molecular* | 12 | |||
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| (CBM-103) Tecnología de ADN Recombinante* | 15 | |||
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| (CBM-301) Temas selectos II | 8 | |||
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| (CBM-801) Temas selectos de Ecología Molecular | 4 | |||
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| (CBM-202) Temas selectos I* | 8 | |||
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Doctorado en Biología Molecular