El plan de estudios del Doctorado en Ciencias Ambientales está estructurado en ocho semestres, o ciclos. Cada ciclo de estudios se compone de 16 semanas y hay dos ciclos al año (enero-mayo / agosto-diciembre). Debido a que en este programa se admiten estudiantes en enero y en agosto, la calendarización de las asignaturas es flexible en función del semestre en que ingresan de los estudiantes. Es por este motivo que no existe seriación de las asignaturas y en los seminarios, pero si en las asignaturas vinculadas a la evaluación del desarrollo de la investigación doctoral. Durante los dos primeros ciclos los estudiantes deben cursar tres asignaturas. Una de estas asignaturas (Fundamentos de la Investigación Científica) es obligatoria para todos los estudiantes de nuevo ingreso. Las otras dos asignaturas son Temas Selectos en Ciencias Ambientales I y II cuyos contenidos son optativos y deben estar dirigidos a complementar y reforzar los conocimientos necesarios el desarrollo de la tesis. El actual plan de estudios considera un total de 31 contenidos optativos para estas asignaturas. Asimismo, el estudiante puede cursar y acreditar asignaturas optativas en otras instituciones. Además de las asignaturas, el plan de estudios incluye siete seminarios interdisciplinarios dirigidos a perfeccionar el manejo del idioma inglés, facilitar la comunicación del conocimiento científico hacia públicos multidisciplinarios, promover la redacción de artículos científicos, y fomentar la escritura de artículos de divulgación.
 
Durante todos los semestres el estudiante debe desarrollar su investigación de tesis bajo el asesoramiento de su director y un Comité Tutoral, conformado por académicos que desarrollan investigación en temáticas afines a la tesis. Además de cumplir con todos los créditos del plan de estudios y la escritura de la tesis, para acceder a la defensa de la tesis el estudiante debe tener al menos un artículo científico derivado de su investigación en calidad de aceptado en una revista indizada de calidad internacional. Alternativamente, esta publicación puede ser reemplazada por otro producto de investigación científica o tecnológica que conlleve un mérito equivalente, como la autoría o coautoría de una patente en registro, un desarrollo tecnológico relevante, o un nuevo proceso o metodología experimental.
Doctorado en Ciencias Ambientales